En 1926 el ministro Rafael Benjumea creó las Confederaciones Sindicales Hidrográficas como un órgano de administración de las cuencas fluviales participado por todos los usuarios. En la cuenca del Júcar, no se planteó inicialmente la creación de una institución de dichas características. Sin embargo, Juan Reig, presidente de la Acequia Real, solicitó en 1932 al Ministerio de Obras Públicas la creación de la institución confederal, para frenar las aspiraciones de Fernando Portillo y permitir que los usuarios –regantes y empresas hidroeléctricas- pudieran asumir y controlar la constitución y gestión de los embalses de regulación en la cuenca del Júcar.
El decreto de aprobación de la Confederación Hidrográfica del Júcar vio la luz en noviembre de 1934, precisamente cuando Ricardo Samper, exalcalde de Valencia y antiguo abogado de la Acequia Real, era presidente del gobierno de la República. Los regantes valencianos del Júcar tuvieron una representación mayoritaria en la asamblea original de la Confederación, 30 delegados de un total de 52, hasta que el régimen franquista reformó la institución para someterla a un rígido control estatal y tecnocrático.